Con excepción de los terrenos altos, cerca de las cumbres de las altas montañas, los cuales han sido desarrollados “in situ” o de coluvión, todas las formaciones del área se han formado de acuerdo a la evolución tectónica de los Andes, presentando una gran diversidad morfo-estructural, que incluye relieves diferenciados como: la cordillera metamórfica y volcánica de los Andes, modelados típicos de la cuenca sedimentaria Amazónica, edificios volcánicos explosivos y efusivos o fenómenos aluviales, lacustres y marinos.
La estructura arquitectónica del relieve, está relacionada con la formación de los Andes, con especial atención al encuentro de dos placas tectónicas con movimiento en sentidos opuestos; la primera, al este, es la terminación occidental del gran zócalo continental cristalino Guayano-Brasileño, que se desplaza hacia el oeste, donde se encuentra con la placa oceánica de Nazca-Cocos, compuesta de rocas basálticas.

La ladera oriental de la cordillera de los Andes, está compuesta en su mayoría de rocas metamórficas, presenta un cabalgamiento hacia el este, encima de los sedimentos creáticos y localmente terciarios que originó la zona de escamas en el sector subandino.

Geológicamente el área que nos compete está conformado por ROCAS MESOZOICAS: Grupo Margagitas (Jurásico Superior-Paleoceno), se localiza paralela al rumbo de la Cordillera Real, con dirección NNE-SSO, de unos 6 Km. de ancho, al norte de Baeza, a lo largo de la quebrada Parada Larga, donde afloran rocas metavolcánicas de color gris-verdusco, porfiroblásticas, algo foliadas; cuarcitas color gris-claro; pizarras grafitosas bien laminadas, mármol gris-obscuro; meta-areniscas grises con vetillas de calcita; filitas rosadas foliadas y microplegadas con clivaje tectónico en dos direcciones.

Estas rocas tuvieron como protolitos a las rocas de las formaciones Misahuallí, Hollín, Napo y Tena respectivamente, las cuales sufrieron dos metamorfismos cinético-mecánicos en el período post-creático, durante la Orogenia Laramídica. La edad de este grupo se puede considerar como Jurásico Superior-creático-Paleoceno, en base a las edades correspondientes a cada uno de sus miembros.

Otra formación presente son los DEPOSITOS SUPERFICIALES (Holoceno) TERRAZAS,medianamente distribuidas en zonas aledañas a los grandes ríos del área como Quijos, Cosanga y Borja. Estos depósitos están constituidos por gravas, arenas, limos y arcillas policmíticos, acarreados y depositados en forma lenticular por aguas de crecidas torrenciales sobre llanuras de inundación, la potencia es variable, alcanzan hasta los 50 m. y cubren parcialmente a formaciones más antiguas en forma escalonada, de hasta 3 niveles.

Los BLOQUES ANTIGUOS EN MATRIZ DE GRANO FINO, forman depósitos aluviales, que son el resultado de derrumbes y deslizamientos ocurridos en relieves de fuertes pendientes. Esta formación superficial, aflora principalmente en el margen izquierdo del río Quijos, aguas abajo, entre Baeza y Borja.

En conjunto se puede afirmar que existen diversos tipos de relieve desde los compuestos por las vertientes andinas con cimas agudas, vertientes rectilíneas y pendientes muy fuertes; relieves estructurales correspondientes a mesas y cuestas; formas aluviales formando valles y terrazas, como consecuencia de los depósitos de sedimentos acarreados por los ríos y relieves coluviales, formados por derrumbes y deslizamientos, los materiales que constituyen estas formas son bloques de roca, en una matriz de grano fino.

Esta zona presenta varias fallas inferidas, que en un momento dado pueden activarse, provocando serios daños a la infraestructura física como el oleoducto. La topografía del bosque protector varía desde ligeramente plana a ondulada, se la encuentra en altitudes del orden de los 2000 msnm., que corresponde a una pendiente del 12% en el margen del río Quijos. Otra es la zona plana con ondulaciones e interfluvios pequeños de 12 a 40%; la terraza media, con ondulaciones e interfluvios más marcados con pendientes de 12 a 25%, se localiza alrededor de los 2130 msnm. Posterior al descrito se encuentra un corredor transversal disectado, con pendientes de 25 a 40%, se localiza entre la quebrada sin nombre y la quebrada Onda a 2350 msnm.; en la parte superior del bosque las pendientes fluctúan entre el 50 y 70%.