La gran cantidad de ríos y esteros que cruzan la zona, constituyen el medio ecológico más idóneo para el desarrollo de especies acuáticas, lo que se encuentra favorecido por las abundantes lluvias y por el arrastre de nutrientes. Sobre la base de los hábitos alimenticios y hábitat natural se pueden encontrar las siguientes especies:

• Eurifagas, no tienen preferencias alimenticias, se encuentran: Hoplias malabaricus, Erytrinus, Lebiadina elongata, etc.
• Estenófagos, se alimentan de detritos, a este grupo pertenecen las rayas.
• Piscivoras, predadores de peces más pequeños.
• En los remansos de los ríos y se alimentan de frutos y semillas, se tiene Brycon melanopterus, Serrasalmus rhombeus.
• Los Cetrópsidos o peces ciegos, se encuentran en el fondo de las corrientes, se alimentan de crustáceos.
• Los Calictidos son bentónicos, habitan entre las piedras y la vegetación donde el agua es algo turbia.
• Los Astroblepidos, preñadillas, se encuentran bajo las piedras, en los sectores donde hay corriente rápida

Los mamíferos ocupan todo el perfil vertical del bosque tropical; en unos casos son trepadores, nadadores o solo terrestres, lo que les permite escapar rápidamente de sus predadores. Los mamíferos mayormente identificados dentro de la zona de influencia del bosque protector son:

La distribución de los invertebrados en el bosque es muy variada, se los encuentra: dentro del suelo, en la hojarasca, en el sotobosque, en las ramas de los árboles, en las copas. En cada uno de los estratos cada especie realiza una función específica. Las especies más representativas son:

Se han reportado una gran cantidad de reptiles y anfibios, donde el grupo más numeroso está representado por el orden Anuros (sapos) y en menor grado representan las lagartijas y culebras. Las especies más representativas son: